Prägend für den niedersächsischen Teil des Weltnaturerbes sind die drei Buchten Dollart, Leybucht und Jadebusen. Sie sind ein Ergebnis des Zusammenspiels von Ems und Weser. Auch die Elbe hat als großer Strom Europas einen erheblichen Einfluss auf das Ökosystem.
Die süßwasserführenden Flüsse verbinden sich mit der salzhaltigen Nordsee. Dabei entsteht das sogenannte Brackwasser, das ein einzigartiger Lebensraum für viele seltene Pflanzen und Tiere ist, die sich nicht nur auf den Salzgehalt des Wassers angepasst haben, sondern auch an die sich durch Ebbe und Flut ständig verändernden Lebensbedingungen. In diesem besonderen Lebensraum sind auch spezielle Fische wie die Flunder oder zahlreiche Insekten und Pflanzen zuhause.